2005年12月21-23日，由中科院高能物理所、兰州近代物理所、上海应用物理所和中科院物理所一行15人组成的专家组，对合肥同步光源二期改造完成后一年来的运行情况进行了现场评估，专家组组长由陈森玉院士担任。 

专家组听取了国家同步辐射实验室执行主任盛六四研究员的报告，并分成加速器、光束线站及用户开放两个组查看运行现场，调阅运行记录、进行现场测试，与实验室各部门负责人共同探讨了运行及管理中存在的问题和可能采取的改进措施。

专家组对合肥光源2005年度整体运行、开放情况、用户管理、人才培养及取得的科研成果予以充分肯定，专家组认为："二期工程后，合肥光源的运行水平有了明显提高。除发射度和轨道稳定性外，性能（流强和寿命）接近世界同类光源SRC、CAMD水平"。个别敏感出光口是否达到垂直位置漂移小于30微米的指标还难以定量测量（缺乏相应的测试手段）。 

专家组对合肥光源今后的科学目标和发展战略提出了以下建议：改善轨道的稳定性；提高年供光时间（年积分流强）和降低自然发射度，以满足用户需求，并真正达到世界先进水平。专家组给出了《合肥同步辐射光源加速器部分现场检查意见》和《国家同步辐射实验室光束线站现场检查意见》两个分组报告及《对二期改造完成后的合肥同步辐射装置现场检查的了解和建议》总体报告。