2008年10月29日，作为国家重大科学工程项目的中国西南野生生物种质资源库在中国科学院昆明植物研究所正式投入运行。

这个总投资1.48亿元，建筑面积约7000平方米的资源库，包括种子库、植物离体库、微生物库、动物种质资源库、DNA库和信息中心，计划在5年内整理、收集和保存6450种66500份（株）野生生物种质资源，并在15年内达到1.9万种19万份（株）。 

据中科院昆明植物研究所所长李德铢介绍，通过资源库，不仅可以确保中国野生生物种质资源特别是特有物种、极度濒危物种、具有重要经济价值和科学研究价值的物种安全性，而且可以使野生生物种质资源的研究和快速、高效、持续开发利用真正成为可能。

有关专家指出，资源库的建成和运行奠定了中国在未来全球生物技术产业竞争中的物质基础，带动了中国生物科学体系及相关学科的交流和发展，为履行《生物多样性公约》提供了科学支撑，为国家进行有关科学决策提供了信息依据。 

目前，全国已经有15个科研院所和大专院校参与到该项目中，建立了一个辐射中国西南、华中、西北、华北以及华南和华东广大地区的采集网络。在此前的项目前期整理、收集和保存中，珍稀濒危植物的种质资源，如云南蓝果树、弥勒苣苔、红豆杉等得以被发现和保存。 
2007年，西南野生生物种质资源库入选由547名中国科学院院士和中国工程院院士评选的中国十大科技进展。