2004年12月报道：自2004年4月30日起，BEPCII直线分总体和通用运行部团结奋斗、精心施工，按CPM计划进行设备安装。11月19日调试出束，完成了BEPCII工程第一阶段目标——直线加速器的改造任务。 

储存环于11月26日开机后遇到罕见故障，束流不能完成一圈注入。加速器中心组织各专业组专家"会诊"，经过几天的反复实验和分析，研究束流测量及束流损失剂量信号，断定束流在第一对撞点西侧静电分离器内部受到硬阻拦。30日排除故障后，12月1日储存环成功实现束流注入和积累。 
12月4日，由于一台高频机故障造成整个高频厅跳闸，高频机馈管严重损坏。课题组技术人员和通用运行部的人员紧急检修，保证了机器的及时恢复。13日，高频西腔又出现故障，加功率时真空会迅速变差，因此只能更换西腔陶瓷窗。抢修之后,真空和高频技术人员昼夜24小时工作，对高频腔进行真空烘烤。21日即恢复真空并注入束流, 缩短了故障对运行的延误时间。

BEPC运行十多年来，这是首次出现真空管道内部有硬阻拦的情况，高频窗故障很少有发生, 分析判断难度很大。这次能够准确、及时的判断故障，是加速器中心物理、高频、束测、电源、真空、机械和防护组等各专业组间的密切合作。许多有经验的老同志也暂时放下手边的工作，主动到中控室出谋划策。通用运行部的大力支持则保证了故障能够得到迅速处理，充分说明经多年积累，高能所已经形成了一支能打硬仗的加速器调束和运行维护队伍。

储存环调束中，考虑到本轮运行由于高频腔减少，束流流强最高只有110mA，与上轮的130mA相比，每次注入有效供光时间大幅度减少，为保证高质量地供束，调束人员根据前两轮运行中机器研究的结果，12月22日启用新工作模式。运用新的工作模式，在真空盒内插入件（4W2，高压束线） 小磁间隙运行时，明显提高束流寿命，延长单次供束时间，从而弥补注入总流强降低带来的影响，保证了定点注入的实现。 

同时，本轮调光增加了3B3光束线，3B3和3B1以及3W1紧挨在一起，尤其在3B3和3B1之间仅有1个校正子，要同时满足3条光束线高通量供光，对束流轨道调试来说具有很大难度。在对束流准直技术多年研究的基础上，本轮调束首次使用了实测响应矩阵指导调束。12月26日，同时成功调好3B1、3B3、3W1三条光束线。28日，调好所有光束线。 2004年12月30日，正式实行6小时定时注入，为所内外用户全面供光。 

此次开机以来排除故障和调试束流的技术和经验，为BEPCII初期调束提供了很好的借鉴。