BEPCⅡ的纯水站改造工作已于2006年5月完成，该系统经几个月的试运行，各项指标已达到设计要求。 

原BEPC纯水（去离子水）站为保证对撞机十余年的安全、可靠运行提供了有力保障。随着现代水处理技术的飞速发展，原设备已陈旧老化，制备工艺落后，不能满足BEPCII的要求。高能所通用运行部于2005年开始对纯水站进行全面改造，新的纯水系统采用最先进的以二级反渗透加EDI（电去离子）为核心的高纯水制备工艺，设备先进可靠，使用先进的PLC控制系统，实现了运行中的全程监控，运行管理方便。试运行期间，送往对撞机的纯水电阻率可达17MΩ.cm以上。