BEPCII直线加速器于2006年4月测试正负电子能量（1.89GeV）、流强和发射度等参数基本达到设计要求后，继续进行各项调试研究工作，并积极准备将重复频率由25Hz提升到50Hz的试运行，这意味着所有脉冲工作设备的平均功率增加一倍，对于设备的设计、调试和安全连锁保护是一个重大的考验。为保证试运行成功，脉冲调制器、正电子脉冲电源、电子枪高压电源等都进行了认真检查。为防止加速管放气太多造成打火频繁，增加了对所有加速管（56根）的真空保护（以离子泵电流的阈值为保护信号）。

2006年5月23日，50Hz运行调试正式开始，经逐渐老练加速管，提升速调管的输出功率，至5月30日，各速调管的输出功率已达到25Hz的工作水平。目前，束流在50Hz 下基本稳定，正在继续相位控制系统、束流轨道和光路系统的调试，争取尽早实现正负电子束的长期稳定运行。