2006年6月9日-10日，扩大后的北京谱仪III（BESIII）国际合作组会第二次会议在高能所召开。出席会议的有高能所、北京大学、清华大学、中国科大、广西大学、河南师范大学、湖南大学、华中师范大学、南开大学、山西大学等国内十多家科研院所及夏威夷大学、华盛顿大学、东京大学、吉森大学（Universitaet Giessen）、波鸿大学（Bochum University）、德国重离子研究中心和俄罗斯杜柏纳等国际合作单位共百余名代表。

2006年1月的第一次国际合作组工作会议上，建立了新的基于国际惯例的管理体制，通过了合作组的管理章程，建立了合作组研究所代表委员会和以发言人为首的执行委员会，选举了合作组发言人。本次会议大会听取了BESIII建造近期进展和BESIII实验现状的介绍，进一步完善了合作组的管理机制，成立了技术、文章发表、国际会议、计算机、软件协调和物理协调委员会，选举了相应的负责人，明确了各委员会及成员的分工和职责。这一管理体制的完善将对BESIII实验及即将开始的BESIII物理分析提供更为有效的保障。