2006年8月3日17时，BEPCII直线加速器结束了3月开始的本轮运行，通过硬件设备和束流性能调试，达到了BEPCII工程所要求的直线加速器的各项技术指标。 

开机之前，直线分总体建立了“开机前各系统检查单”，要求各系统的每一项准备工作都要有负责人签字，且要在分总体和指挥部备案后才能投入工作。全面开机之后，每天8:00的晨会上由夜班值班长汇报前一天各系统设备状态和机器研究的进展以及有关的测量数据。分总体负责人和各系统负责人再根据调试进展，讨论并确定当天的机器研究具体内容和进度计划。调试期间，各系统团结协作，相互保障和支持：束测系统确保束流指标的测量精度，专人值守随时提供技术保障；定时系统将主要部件搬运到控制室，保障机器研究的基本运行条件；机械组多次利用停机间隙，测量和校正可能存在准直偏差个别部件；通用运行部积极协助消除恒温水流和水温周期化变动等因素给加速器运行稳定性带来的影响。为消除困扰多时的束流轨道抖动问题，直线和环进行了多套方案的机器研究，邀请三位日本KEK的专家交流。7月中下旬，直线加速器顺利通过了BEPCII 工程指挥部组织的预验收测试，加速器束流和各系统设备性能参数（能散度未测量）均达到或超过了设计指标。