经过紧张的调试，2006年12月25日上午，BEPCII正式开始为同步辐射用户提供实验束流，按计划实现了年底为同步辐射用户供束的目标，圆满完成了第二阶段的任务。这是BEPCII工程建设的一个重大的里程碑。12月30日上午，高能所召开了新闻通报会发布了这一喜讯。 

为了保证国内广大同步辐射用户的需求，BEPCII的建造分为三个阶段：1）直线加速器改造；2）储存环改造；3）探测器改造。每个阶段都插入同步辐射运行，以减少由于BEPCII改造工程对同步辐射用户的影响。

BEPCII储存环实现束流积累后，科研人员开始夜以继日地调试，不断提高束流的性能。目前储存环中电子束流的能量为25亿电子伏特，流强达到120毫安，束流轨道与理论值的偏差大部分控制在0.5 mm以下，束流性能的这些指标已明显高于BEPC改造前的水平，同步辐射光的强度比BEPC有了成倍的提高。 

北京同步辐射装置配合BEPCII对光束线和实验站进行了大量的改造，增建了第三个实验大厅，新建2条光束线，兼用光的强度提高一个数量级以上，大大提升了性能。目前已有8条光束线对用户开放，一些来自生命科学、物理学、材料科学、医学、环境科学的科学工作者正在BEPCII上利用同步辐射开展实验，取得了一批实验结果。

在确保同步辐射用户实验的基础上，BEPCII工程人员将深入进行机器研究，继续完善各个系统，不断提高束流性能，计划在2007年秋季安装探测器，争取2007年年底实现加速器与探测器的联合调试运行，开始获取对撞物理数据，2008年底达到验收指标。