2007年6月15日开始的BEPCII第二轮同步辐射运行于7月31日上午8点结束，累计为同步辐射供光793小时，积分流强85.98安培小时，硬件故障17.8小时，其中21日到31日连续240小时无故障（右图）。此次供光期间，储存环达到8小时定时注入，供光流强从188mA到75mA，4W2 GAP 18mm，束流轨道稳定度最好可控制在正负5微米左右，这些指标标志着BEPCII同步辐射运行已达相当高的水平。

与此同时，在机器研究中对供光模式和工作路径作了一系列优化，有效压低了4W2 GAP，稳定了供光流强，仅用三天就调试成功轨道慢反馈研究，大大提高了束流轨道的稳定性。 
同步辐射专用光期间，14条光束线和相应的实验站均投入了对外开放，为190个研究课题提供了240（部分课题在多个线站进行实验）项同步辐射实验。用户来自国内65个研究机构和国外3个研究单位，其中包括物理所、化学所和生物物理所等26个中科院研究所，清华大学、北京大学等27所大学，原子能研究院等国内其它12个科研单位进行了实验。意大利INFN、英国伦敦大学和俄罗斯Levedev研究所等3个国外研究机构也在BSRF做了实验。用户课题涉及凝聚态物理、生命科学、化学化工、材料科学、医学、资源和环境、国防建设等多个领域，许多课题取得了重要的实验数据。