2008年3月28日上午8：30，BEPCII按计划结束同步辐射专用模式供光运行，第二阶段加速器调束圆满完成。 第二阶段调束从2007年10月24日开始，至2008年3月28日结束，历时156天。期间，不断克服高流强、高亮度、高稳定性对加速器调束和运行带来的挑战，逐步提高束流性能，完全达到了预定的调束目标：对撞模式实现单环流强超过550 mA，对撞流强超过2×500 mA，亮度达到BEPC的10倍，超过1×10³² cm^-2 s^-1；本底得到有效控制，谱仪可以按期推入；同步辐射专用模式达到了2.5 GeV、250mA，束流寿命逐步达到了10小时（右图），同步光光强相比BEPC有数倍的提高，同步辐射专用模式的性能全面达到设计指标，并且实现了同步辐射模式2.5 GeV满能量注入，使供束效率显著提高，通过了中科院组织的工艺测试。另外，直线加速器率先全面达到设计指标，机器性能达到同类装置国际先进水平，2007年底通过了中科院组织的验收测试。

第二阶段调束全面检验了BEPCII加速器的性能和潜力，为实现2008年底BEPCII达到亮度的验收目标奠定了坚实的基础。