2009年6月4日通过工艺鉴定后，BEPCII转入Ј/ψ取数。至7月28日8:00，北京谱仪采集了约2亿 Ј/ψ 事例。这是BEPCII建成以来第一次在该能区运行。相比ψ(2S) 取数，由于束流能量降低，同步辐射阻尼减弱，束流易受扰动，加上气温升高，湿度增大，对设备稳定运行的压力增大。而且由于调试时间很短，计划安排得非常紧，对许多束流现象难以展开系统研究，这些都大大增加了调束和运行的难度，但实验取数时的峰值亮度仍比BEPC提高15倍以上。加速器调束运行及各系统人员克服困难，加强与谱仪运行人员的合作，努力提高供束、取数效率，终于按期获得了超过2亿的Ј/ψ事例数。

BEPC在1999-2000两个年度里的303天的运行中，获取了5800万J/ψ事例。这次BEPCII在54天里获取了约2亿 Ј/ψ事例，初步估算总的效率约为改造前的20倍。这样，第三阶段调束期间，加速器一方面提高束流性能，实现亮度达标，另一方面，配合探测器完成了1亿 ψ(2S) 和2亿J/ψ的物理取数目标，为早出物理成果奠定了良好的基础。

接下来加速器将进行3天的机器研究，主要进行大流强对撞相关的实验和完善束测手段，并研究同步辐射兼用模式，为下一轮更高水平的运行做好准备。