2008年12月23日，北京市发改委公布：国家发展改革委2008年11月批复了蛋白质科学研究设施国家重大科技基础设施项目建议书（发改高技[2008]3070号），将其列入国家高技术产业发展项目计划。

项目分北京设施、上海设施两部分，总投资18亿元，其中国家安排投资11亿元，暂按北京设施、上海设施各5.5亿元安排，其余由地方配套和项目单位自筹解决。北京设施由军事医学科学院为项目法人单位，清华大学为共建单位，在北京市建设以蛋白质组学研究能力为主的蛋白质科学研究设施，建设期4年。上海设施由中国科学院上海生命科学研究院作为项目法人，在上海市建设以蛋白质结构解析能力为主的蛋白质科学研究设施，建设期3年。项目建成后，将依托北京设施和上海设施联合组建国家蛋白质科学中心，按照“开放合作、资源共享”的原则，面向多用户、多领域开放，开展科学研究和国内外交流。

落户北京的另外五项国家重大科技基础设施项目也正在顺利推进。重大工程材料服役安全设施项目已批复项目建议书，总投资4.93亿元,由北京科技大学承担,项目可行性研究报告已上报国家发展改革委。子午工程正在建设中,由中科院空间科学与应用研究中心为主建设，总投资1.67亿元，在京投资约占总投资的一半。农业生物安全研究设施项目已批复可行性研究报告，中国农业科学院为项目承担单位，总投资1.51亿元。正编制初步设计概算。大陆构造环境监测网络项目已批复项目建议书，中国地震局牵头建设，在京投资约5000万元。航空遥感系统项目已批复项目建议书，中科院电子所为主建设，项目总投资9亿元，目前正办理相关环保手续，开展初步设计工作。

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