离子源是整个加速器装置的源头，为加速器提供高品质离子束。HIAF离子源可提供从氢到铀不同种类离子，离子的质荷比为M/Q=2~7，引出能量为14 keV /u。HIAF离子源系统由2台离子源组成，可产生强流H2+离子束流的强流质子源和产生强流高电荷态重离子束流的ECR超导离子源。HIAF离子源引出束流先进入直线加速器iLinac加速，再注入同步加速器，满足加速器加速和传输的需求。