2009年，中国科学院近代物理研究所提出HIAF概念设计并不断优化，同时对部分关键技术进行预研。同时相关科技人员在全国范围内开始了漫长艰苦的选址工作，最终选定广东省惠州市惠东县的东南沿海地区。

2014年6月28日，中国科学院与广东省人民政府签署了《中国科学院、广东省人民政府共建国家重大科技基础设施“十二五”建设项目“加速器驱动的嬗变研究装置”与“强流重离子加速器”合作协议》，HIAF项目正式落户广东惠州。